編集ウィンドウを開きます。

「アプリケーションの設定」を開きます。

「設定ファイルの自動切り替え」の右側にある＋ボタンをクリックします。

最初に左側のリストからアプリのプロセス名を選択します。
次に、右側のリストから設定ファイル名を選択します。
両方の選択が完了したら右上のチェックマークのボタンをクリックして完了ます。
※左下の手動入力にテキストを指定した場合はテキストが優先されます。

以上で設定ファイルの自動切り替えは完了です。
もし自動切り替えを一時停止したい場合はメインウィンドウの右クリックメニューから「自動切り替えを一時停止」にチェックを入れてください。